Nafarroako Merkatari Elkartea fundatu zenean, honako helburu hauek ezarri ziren:
- Nafarroako hurbileko merkataritzaren eta haren elkarteen interes ekonomikoak eta sozialak defendatzea eta sustatzea.
- Sektorea ordezkatzea zenbait entitateren aurrean: Nafarroako Gobernua, Nafarroako Ganbera, Nafarroako Enpresaburuen Elkartea, Merkataritzako Kontseilu Aholku-emailea, merkataritzako ordutegien mahaia, udalak...
- Hurbileko merkataritzak Nafarroako herrietan egiten duen lan sozial, ekonomiko, dinamizatzaile eta kohesiboaren garrantzia azpimarratzea.
- Informazioa eta publizitatea helaraztea iritzi publikoari, erakunde publikoei eta herritarrei, merkataritzaren garrantziari buruz eta haren kideen interesei buruz.
- Merkataritza arloko asoziazionismoa bultzatzea.
- Lankidetza administrazioarekin merkataritza bultzatzeko plan berri bat garatzeari begira.
- Merkataritza-sektoreetako hitzarmen kolektiboen koordinazioa.
- Beste edozein, baldin eta mesedegarria bada kideen interes komunak bultzatu eta defendatzeari begira.